[Hygiène prévention Covid-19]

Coronavirus, QUESTIONS
Hygiène et questions en travaux /Covid-19

Mise à Jour partielle: 17 avril 2021.
Ci-dessous, les questions sur lesquelles Denis Corpet prof.d'Hygiène, cherche des données scientifiques*.
Il suit une méthode, et cherche dans des bases de données médicales et biologiques:
- CORD-19 = TOUTES les publi.Covid (spécialisé, à jour, articles complet, PAS convivial). J'interroge par Neural Covidex.
- PubMed = Tous les articles médicaux et biologiques (+++ mais pas up-to-date, ne donne que l'Abstract).
- Publons: articles les + récents, évalués. - U.Louvain: grosse revue en anglais, actualisée hebdo.
- CoronaVirus Fact-Checking TaskForce, CVF-CTF, résume l'info. scientifique en anglais: compact, simple et vrai. ajouté le 24 mai. [miniURL: zici.fr/49]

Quand j'ai trouvé une réponse, je la rédige et l'ajoute sur la page Hygiène Covid-19 pour limiter l'épidémie


Hygiène
- Zinc et coronavirus. 14 mars & 14 avril & 5 mai
Serait-il utile de "renforcer la résistance" par la prise de suppléments de zinc ? Le statut en zinc joue-t-il sur la sévérité de la Covid-19 ?

- Si vous êtres malade, que faire ?
Fièvre ou toux? Bien sur faut consulter un médecin (au téléphone) et rester chez vous (= se confiner). Mais surtout prévenir vos contacts des jours précédents. Un Appli géniale pour vous y aider, sans flicage ni traçage: Briser la chaine Covid-19 (18 mai)

- Chant, chorale, choeur: faut-il arrêter ? (15-18 mai)
OUI, très probablement. Le chant émet beaucoup d'air (six fois plus que d'hab.), qui vient du "fond des poumons", et ça dure... c'est comme si on toussait en continu 1h ou 2 ! Une chorale, c'est plein de chanteurs à touche-touche. Dans quelles conditions peut-on chanter en choeur, reprendre des répétitions de chorale, assister à un concert, ou même chanter à la messe ? Je ne sais pas ! Des cas très impressionnants de contamination d'un grand groupe (cluster) ont été observés dans les choeurs, avec plusieurs morts à la clef. Pas eu le temps de bien chercher dans les revues scientifiques, mais voici trois cas terribles: Skagit Valley choir (USA WA):52 chanteurs contaminés sur 61 en répétition, 2 morts Hamner_CDC_MMWR et Choeur mixte d'Amsterdam au Concertgebouw (Pays-Bas): 100 choristes contaminés en concert (mais pas de spectateurs) et 4 morts :France-Musique, 11 mai. Le troisième cas est le Choeur de la cathédrale de Berlin, 59 chanteurs sur 78 dans la cathédrale protestante de Berlin (pas de ref., mention dans un journal de Cincinnati, USA ).

Plus récemment UN choriste chantant d'une estrade à 3m50 du sol dans une église australienne a contaminé 12 personnes assises à plus de 15m de lui, pendant une messe d'une heure. Personne ne portait de masque, mais il n'y eu aucun contact ni rapprochement: juste le chant, et de loin ! Blog Marc Gozlan, Le Monde, 6/04/21

Malgré ces preuves accablantes, Christian Kähler, prof. en mécanique des fluides à Munich explique à R.McKie, The_Guardian que le chant ne peut être contaminant à ce point: l'air expiré ne dépasse pas 50cm ! Pour lui, les chanteurs se sont contaminés par les échanges amicaux avant et après le chant.

- WC infectant ? (15 mai)
OUI, les toilettes sont contaminées après le passage d'un porteur de coronavirus Ong_JAMA_20. Le virus survi longtemps sur ces surfaces (siège, sol, bouton de chasse d'eau): il faut donc les désinfecter Chin&Poon. Le virus reste assez longtemps dans l'air de cette petite pièce confinée, contaminée par la respiration du porteur et l'aérosol de la chasse d'eau. Si la ventilation est très efficace, elle entraine l'air contaminé. Sinon, il est préférable d'ouvrir la porte et d'attendre avant d'y aller (attendre combien de temps??? plus de 3h je pense, mais à étudier scientifiquement*)

- Quel masque ? Quelles "particules" ? Voir [Masques]

- Combien de virus vivants, dans un postillon Et sur une main, ou sur une poignée de porte ? Cf."Goutelettes & Aérosols

- Combien de virus, quelle dose minimale pour infecter, et une dose forte rend-elle plus malade ?
Réponse de CFCTF: Likely Yes. While other viruses like flu, MERS or SARS do show a strong correlation between virus load and severity of symptoms, current research on covid-19 shows no strong consensus regarding this question. While Cereda D. et al (2020) finds no difference in viral load between symptomatic and asymptomatic patients (study with 5000 infected people), Yang Liu et al (2020). concludes that the mean viral load on severe cases was 60 times higher (study with 76 people).

- Peau ? Combien de temps le SARS-Cov-2 résiste-t-il sur la peau et sur les mains ? Pas vu d'article scientifique*, mais un chapitre de livre dit ceci "Des études préliminaires avec le coronavirus 229E (virus du rhume, PAS le virus du Covid-19) indiquent que 45% des virus restent infectieux après une heure sur les mains d'un adulte. C'est très différents d'autres virus respiratoires "enveloppés" qui, après être restés 10 min sur la peau, deviennent indétectables Wolff&Tetro_BAID-05

- Pourquoi ces survies si différentes sur différentes surfaces ? Oui, c'est étonnant que le coronavirus puisse tenir 7 jours sur les fibres de polypropylène d'un masque, et ne tienne pas 3h sur du papier ! Quelle est la raison de ces éccarts ? Je viens d'écrire un bref article, en cours d'évaluation par un revue scientifique internationale, déjà mis en ligne sur un site de préprints [Why does coronavirus persistance on surface depend on material? (English)]

- Salive ? Y-a-t'il des virus dans la salive ? Bouche ou Nez, où est l'entrée principale ? Et quelle est la voie de dispersion majeure ?
OUI, c'est sur qu'il y a beaucoup de coronavirus dans la salive des malades et des porteurs. : c'est donc une source majeure de contamination. Un prélèvement salivaire est bien plus facile à faire qu’un écouvillonnage nasal, avec moins de risque pour le préleveur. D’après plusieurs études (mais pas toutes) la salive semble aussi plus fiable pour détecter l’ARN viral. Plusieurs tests sont en phase finale de test, en France et ailleurs. Le prélèvement nasopharyngé reste hélas le test de référence en France Wyllie_Rx - To&Yuen_Clin.Infect.Dis._20 - Xu&Cui_Int.J.Oral.Sci. En Californie, en Belgique et ailleurs, les tests salivaires deviennent routine, et marchent très bien: voir cet article édifiant : l'université de Liège va tester la salive de TOUS ses étudiants chaque semaine

- Ce qu'on mange nous contamine-t-il ?. Si j'avale un aliment avec des coronavirus dessus, vais-je attraper le Covid-19 ? Je n'ai pas trouvé de réponse claire: il me semble que le virus sera tué par l'acidité gastrique (pH2), mais s'il y échappe, il peu s'attacher et se multiplier dans l'intestin grêle qui porte des récepteur ACE2.

- Isolement en chambre. Probabilité d'infecter ses colocs ? Que faire ? Mesures pour un malade isolé dans sa chambre (dépliant Suisse ++)

- Que faire pour être moins fragile ? 18 avril & 15 juin
L'âge >70 ans et les maladies chroniques (diabète, coeur, poumons) augmentent la gravité du Covid-19 et le risque de décès. Mais dur de changer d'âge ou de guérir le diabète. Alors, que peut-on faire pour être moins fragile ?
Fait 1- Le surpoids est fortement associé à la gravité du Covid-19 /AP-HP, et
Fait 2- Un fumeur qui attrape le Covid-19 risque deux fois plus d'en mourir qu'un non-fumeur /AP-HP, et même risque x 2,5 Zheng_J.Infection
donc tenter de maigrir et arrêter de fumer (ou réduire le tabac), augmentent la résistance en cas d'infection: c'est l'Hygiène !
Par ailleurs, la probabilité d'être infecté est divisée par par 4 ou 5 chez les fumeurs (peut-être du à la nicotine, par ailleurs toxique et addictive) Miyara&Tubach_qeios, mais les fumeurs infectés meurent 2,5 fois plus du Covid-19.
- Vitamine K: Les patients gravement atteints de Covid-19 sont très carencés en vitamine K, et cette carence augmente la probabilité de mort par Covid. La prise de vitamine K pourraient peut-être protéger. Les aliments les plus riches en vitamine K sont les légumes-feuilles verts foncés (vit.K1: épinards, choux, salades) et certains fromages (vit.K2: gouda, et peut être munster et camembert). Dofferhoff&Janssen_PrPr_20 Par ailleurs chez les personnes âgées, la consommation de vitamines K est associée à la conservation des facultés cognitives et comportementales Chouet&Annweiler_Nutr._15, et la carence en vitamine K est associée au déclin cognitif Alisi&Fiorelli_Front.Neurol_19 mais la preuve directe que la vitamine K protège le cerveau n'est pas encore publiée.

- Prevotella et le microbiote intestinal, sont-ils impliqués ? 21 avril
Un certain "Bio-Moon, prof.SVT" publie le 1er Avril une interminable tribune-libre Agora-vox. A la fin il dit: "Cela aura peut-être au moins la vertu de vous divertir et peut-être même de vous faire rire"
Il fait l'hypothèse que Prevotella, bactérie anaérobie commensale de l'intestin, tue les malades du Covid-19. Comme argument ( indirect) il cite la résistance des enfants au Covid-19. Il cite 11 articles scientifiques ayant un vague rapport avec le sujet, et 2 des 20 OSF-preprints de Sandeep Chakraborty, qui creuse cette hypothèse depuis février à l'UC Davis (soi-disant). Cette hypothèse n'est donc pas forcément un poisson d'avril, mais elle l'a pour l'instant aucun support expérimental. Un test "simple" serait de remplacer l'azithromycine du traitement par un antibiotique actif sur Prevotella sp.. Seriez-vous volontaire ?

Epidémio
- Durée d'incubation ? 16 avril
* Sur 181 cas chinois confirmés en Janv.& Févr., Lauer&Lessler trouvent 5,1 jours d'incubation en moyenne. Statistiquement, 97,5% des gens incubent moins de 12j mais 1% pourraient incuber plus de 14j Lauer&Lessler Ann.Intern.Med 2020 (excellente revue).
* Par une méta-analyse regroupant toutes les études publiées (N=57) Khalili&Sharifi trouvent une incubation "moyenne" de 5,8 j (mais moins en Allemagne et Corée-Sud). Leur méta-analyse donne aussi 2-7 j entre 1er symptôme et consultation médicale, et 13-23 j entre premier symptôme et guérison Khalili&Sharifi_Rx*20 (non publié)

- Comment sortir du confinement ? 13 avril
Karin&Alon proposent une sortie de confinement audacieuse, basée sur la biologie du virus: on alternerait des périodes de travail (déconfiné) de 4 jours, avec des périodes confinées (repos ou télétravail) de 10 jours. Cela permet de reprendre une certaine activité économique (en gardant strictement les précautions de "barrières"), et d'empêcher la reprise de l'épidémie. Karin&Alon Car ceux qui seraient contaminé au début des 4 jours déconfinés, par exemple en partageant le bureau d'un contagieux, ne peuvent pas être eux-mêmes contagieux pendant ces 4 jours, mais seulement après, donc pendant une période confinée: il ne pourrons pas contaminer. L'article démontre la robustesse du système, qui peut être assoupli ou au contraire durci, selon la réponse concrète de la courbe épidémique. Activité économique serait moindre qu'avec une semaine de 5 jours sur 7, mais cela permet des prévisions, des agendas, et stabiliserait l'économie d'après Uri Alon.Karin&Alon_Rx* Adaptive-cyclic-exit-strategies-from-lockdown-to-suppress-covid-19-and-allow-economic-activity

- Transporteur "passif" ? Est-il possible de transmettre le virus dans l'héberger dans ses bronches ? Oui, si je touche un objet contaminé, ma main contaminée peut déposer quelques virus sur un autre objet. Mais en poserai-je assez pour infecter quelqu'un ?

- Porteur "passif" ?- Si on est testé positif mais pas malade, au bout de combien de temps ne sera-t-on plus contagieux ?

- Nb d'infectés par malade ? 7/04 & 8/05 - Reproduction Number = R0=3 Donc TROIS. Médiane 2,8 et moyenne 3,3, sur 13 estimations publiées pour la Chine Liu_JTM Le R0 de Chine est-il valable en Europe ? Le mode de vie joue surement sur R0, par ex. l'habitude de s'embrasser, la distance pour se parler, ou le nombre de personnes par pièce. Pour l'Italie, Rovetta&Bhagavathul trouvent R0=3,5, Zian Zhuang & Shi Zhao trouvent 3 [2,6-3,3]. C'est plus que le premier R0 estimé en Chine (1,4-2,5), mais pareil que la moyenne finale de toutes les estimations.

- Qui sont les nouveaux infectés ? = La France est confinée depuis le 17 mars, comment explique-t-on le nombre de nouveaux cas ? Sont-ce des soignants ? Des familles confinées avec un porteur ? Des gens "mal" confinés ? Des travailleurs ou vendeurs

- Données imprécises = En France, ne sont mesurés précisément ni le nombre de morts (bcp inconnus en EHPAD), ni le nombre de malades (bcp restent chez eux), ni le nombre de personnes infectées (trop peu de tests effectués). Comment prendre de bonnes décisions avec des données aussi imprécises ?

THÉRAP
J'évite les questions sur les médicaments ou la ventilation assistée: je ne SAIS PAS ! A quoi me servirait d'avoir les réponses ? Je ne suis pas médecin, et si je tombe malade c'est d'autres que moi qui prendront les décisions thérapeutiques. Donc rien dans mes pages sur Didier Raoult, la Chloroquine et autre drogues...

* NOTES
° Scientifique, donc avec la méthode scientifique. Je pars d'articles scientifiques publiés, expérimentaux et relus par des experts (si j'en trouve). Je les lis avec l'esprit critique, et les confronte à d'autres articles et aux connaissances scientifiques. La science est évolutive: les nouvelles recherches peuvent compléter d'anciens résultats. En ce cas je change mon texte. C'est pourquoi j'indique toujours la date de Mise-à-Jour.

* Abbréviations:
- BJA*: British Journal of Anaesthesia
- CDC*: Cender for Disease Control and Prevention USA. Agence officielle de contrôle des épidémies aux EUA
- CNN*: Cable News Network, chaîne de télé USA +site +journaux
- Covid-19: Corona Virus Disease 2019 = madadie. Le virus = SARS-CoV-2, ici nommé Covid19
- CID*: Clin.Infect.Dis
- EID*: Emerging Infectious Diseases, revue scientifique du CDC USA, assez cotée
- FEV*: Food Environmental Virology
- JAM*: Journal of Applied Microbiology
- JAMA*: Journal of the American Medical Association, excellente revue médicale
- JHI*: Jounal of Hospital Infection, revue spécialisée "moyennement" cotée
- JMII*: Journal of Microbiology, Immunology and Infection - JVM*: Journal of Virol. Method.
- MMI*: Med.Microbiol.Immunol.
- NEJM*: New England Journal of Medicine. Excellente revue médicale, la plus coté du monde
- Rx*: bioRxiv ou medRxiv (Rxiv =Archive). Prépublications biologiques ou médicales non reviewées. Peu fiable
- USI*: Unité de Soins Intensifs, en hôpital

Pour m'écrire, E-mail en bas de page Denis