Prévention Covid-19
Revue scientifique°: Hygiène contre Coronavirus

[*Note ]

• Comment tuer le coronavirus ?
  24-31 mars et 4 juin (soleil)
  Ce virus est fragile, c'est facile de le tuer hors du corps. Car le Covid-19* est "enveloppé" d'une membrane grasse, comme le virus de la grippe. Cette bicouche lipidique est cassée par les solvants (alcool) et certains "savons". Sans membrane, le virus est inoffensif. Je n'ai trouvé que 2 pré-publications sur la désinfection du SARS-Cov-2 (donc je regarde aussi études SARS-Cov-1: Rabeneau_MMI*05 +Rabeneau_JHI*05 +Kampf_JHI*20)
  
  - L'alcool détruit Covid-19 en moins de 30 sec.¤ [cf.¤ Note ] Éthanol 70% ou +, mais 30% suffit selon Kratzel_Rx*20, Éthanol 70% confirmé <5 min Chin&Poon_Lancet.Micr.20, et pour SARS-Cov-1 en < 30sec.
  - L'eau de Javel (sodium hypochlorite 0,2%) détruit SARS-Cov-1 en < 30 sec¤ Confirmé < 5 min pour Covid-19 Chin&Poon
  - Le vinaigre pur détruit le SARS-Cov-1 en 1 min¤. PAS efficace si dilué.
  - D'autres désinfectants chimiques sont efficaces, par ex. Eau oxygénée, Bétadine, Formol, dichloroisocyanurate de sodium = Chlore pour piscine. Mais je ne donne ici que des produits "ménagers".
  - Soleil : 7 min de plein soleil divise par 10 le Nb de SARS-CoV-2 dans de la salive séchée sur de l'acier inox, et en 35 min cent mille virus¤ sont tués Ratnesar-Shumate_JID*20. Donc à midi l'été le soleil décontamine une surface lisse en une heure. Les rayons UVB sont maxi vers 12-14h entre mai et juillet. Sinon faut plus de temps pour décontaminer. Sur une surface sale ou rugueuse le virus se cache à l'ombre des saletés et dans les trous !
  - Rayons UV C (lampe spéciale) : 1 min d'UV.C divise par 10 le Nb de SARS-Cov-1, destruction totale en 6 min¤ Darnell_JVM*04.
  - Chaleur: à 65°C destruction quasi-totale en 3 min¤, ou 56°C 30 min. Chaleur moins efficace en présence de protéines Darnell
  - l'Aération/fenêtres ou la ventilation/VMC divisent par 2 la transmission de virus (rhume) entre "collocs" Hobday_JHI*15
  - Le savon détruit des virus enveloppés: L'ac.Oléique C18:1, AG majeur du savon de Marseille, à 1% divise par 20000 le Nb de virus grippe en 3 min (-4 log), ¤. MAIS les détergents liquides LES et SDS sont peu efficaces (-1 log) Kawahara_PLoS-ONE_18
  - Savon: destruction confirmée en < 15 min pour Covid-19, mais en 5min un tube sur 3 contenait encore des virus Chin&Poon_Lancet.Micr_20
  - Rincer la peau à l'eau courante élimine les virus + vite que l'alcool: Zéro virus après 30s de lavage à l'eau sans savon (voir Figure), mais faut 3,5 min sous alcool¤. Testé sur virus grippe englué dans mucus frais, et sur virus séché 40min sur la peau Hirose_mSphere_19
  - Se laver les mains avec eau et savon élimine les virus, c'est démontré dans + de 100 articles (pas Covid-19). Se laver les mains est plus efficace que les frotter avec gel hydro-alcoolique. Ex.: Savolainen_J.Med.Virol.12 et Foddai_Food_Prot.16
  12 avril
  Ce virus est fragile mais il n'est pas tué instantanément, surtout quand y en a beaucoup ([cf.¤ Note ]). Que ce soit l'alcool, le savon, la chaleur, ça demande du temps d'éliminer 100% d'une forte contamination.
  Mais est-il indispensable de "stériliser" les surfaces ? Pas sûr. Pour ceux qui sont jeunes et en forme (<60 ans, ni tabac, ni maladie), ce n'est pas très dangereux qu'il reste quelques ARN du virus sur ce qu'ils touchent. Car il faut probablement plus de 1000 virus pour rendre malade, et ces gens-là ont peu de risque de développer une forme grave. Il leur suffit donc de bien réduire la charge virale, de diviser le nombre de virus "vivants" par 1000 (car il y a rarement plus d'un million de virus). Mais pour des gens très fragiles, il vaut mieux tuer "tous les virus" en stérilisant les objets: Laisser agir longtemps alcool, Javel, savon, chaleur ou soleil pour diviser le nombre de virus par un million.
  

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• Combien d'heures survit le coronavirus sur les objets ?
  17/03, 31/03, 20/04, 23/07 : Van-Doremalen_NEJM*2020 - Chin&Poon_Lancet.Micr_20 - Derraik_Rx*20
  Je classe en 1er les matériaux anti-corona et en dernier ceux qui conservent longtemps le virus. Ces résultats furent obtenus à 22°C, le virus persiste bien plus lontemps au frigo (4°c) et beaucoup moins longtemps au chaud:
  - Papier, Nb divisé par 100 en 30 min, indétectable en 3h Chin&Poon_Lancet.Micr_20 donc le courrier n'est pas contaminant. - [Preprint Coronavirus (English)]
  Sur les billets de banque le virus persiste bien plus longtemps: Nb virus divisé par 100 en 6-8h, indétectable en 24-72h. Harbourt_Rx* et Chin&Poon_Lancet.Micr_20
  - Cuivre : Nb divisé par 10 en 1h, indétectable en 8h. Confirmé: virus HuCoV-229E éliminé en 5-60 min sur alliages de cuivre Warnes_mBio_15
  - Vêtements, habits: Sur du "tergal" (coton/polyester 35/65) Nb de Covid-19 divisé par 100 en 4h, indétectable en 8h. Harbourt_Rx*. Une autre étude montre le nb de virus divisé par 100 en 30 min sur un autre tissu (coton ?), et disparition des virus en 24h Chin&Poon_Lancet.Micr_20
  - Carton, Nb divisé par 10 en 3h, indétectable en 48h
  - Peau: le virus persiste 8-9h la peau humaine, il faut donc vraiment se laver les mains ! Une goutte de mucus + virus est posée sur un rond de peau abdominale, prélevée post-mortem et maintenue en survie sur un milieu de culture à 25°C. 99% des virus déposés ont disparu en 2h, mais il faut 8-10h pour que les virus meurent tous. Ce modèle de peau est validé: la survie d'un virus grippal est la même sur les mains de volontaires et sur ces ronds de peau Hirose_Clin.Infect.Dis. Notre peau est à 33-35°C, l'étude fut faite à 25°C: le virus meurt + vite quand il fait + chaud, il persiste donc moins de 8h sur nous . Un autre article montre sur un morceau de peau de porc fraiche et rasée, à 37°C le Nb de Covid-19 est divisé par 100 en 4h, et indétectable en 8h Harbourt_Rx*
  - Dans l'air, le Covid-19 en aérosol résiste plus de 3h (mais Nb divisé par six)
  donc si un malade tousse dans une voiture ou une chambre le virus reste longtemps (postillons)
  - Acier inox : Nb Covid-19 divisé par 100 en un jour
  - Sur du plastique, Nb Covid-19 divisé par 100 en 2 jours = -2 log en 48h. Indétectable en 3 à 7j ¤
  - Masque: Nb divisé par 10 en 1 j, et par 1000 en 7 jours à l'ext.d'un masque "chirurgie" Chin&Poon_Lancet.Micr_20
  Comment expliquer? le coronavirus meurt en 3h sur du papier mais survit 7 jours sur un masque
  
  Ma conclusion: Le virus reste sur les objets entre 3 h et 3 jours, et diminue déjà après 12h, sauf ...
  Sur du plastique il résiste longtemps, surtout sur les fibres des masques: sept jours! mais on peut désinfecter un masque
  Donc désinfecter poignées & interrupteurs (pulvériser alcool ménager). Les poignées de cuivre et les papiers sont auto-désinfectant !
  Achats: courses en quarantaine 2-3 j dans un débarras. Pulvériser alcool sur sac congélo, décartonner avant->frigo. Laver fruits et légumes.
  

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• Virus dans l'air ? Gouttes ou aérosol ?
  8-26/04, 15/06, 14 juillet
  Aérosols et Gouttes sont deux mode de transmission aérien des virus respiratoires (Abiteboul conf.JNI 2006)
  - Aérosol, ce sont des micro-gouttes <5µ qui restent longtemps dans l'air, sont transportées par les courants d'air et s'accumulent dans les pièces fermées. L'aérosol se comporte comme la fumée de cigarette: très léger il va loin et pénètre loin dans les poumons, mais il contient relativement peu de virus (seulement 3-4% des virus émis selon Lindsley_JOEH_14). Les procédures invasives en Unité de Soins Intensifs (USI* intubation, ventilation, bronchoscopie..) produisent des aérosols particulièrement contaminants Odor_BJA*20
  - Gouttes-postillons, des gouttelettes >5µ qui retombent vite, en moins d'un à deux mètres selon les études (sauf si on tousse) et contaminent les mains et les objets. Ces gouttelettes lourdes se comportent comme un spray lave-glace (elles contiennent 96-97% des virus émis d'après Lindsley_JOEH_14)
  Pour le virus du Covid-19, les deux types de transmission existent: les gouttes >2,5µ et les aérosols (diamètre 0,25 à 1µ) Liu&Lan_Nature_20. C'était démontré depuis fin mars mais l'OMS ne l'a reconnu qu'en juillet Morawska&Cao_Environ.Internat._06/20, Morawska&Milton_Clin.Infect.Dis._07/20, Erath_Conversation_07/20. Les gouttes transmettent beaucoup de virus, ce qui explique l'efficacité de la distanciation et des masques en tissus (peu filtrants). Les aérosols transmettent un peu le virus, essentiellement dans les USI* et les lieux fermés et bondés, mais pas dehors ni dans les lieux bien aérés. Certains scientifiques pensent au contraire que les aérosols sont très contaminants, en comparant la pente de l'épidémie dans les pays ayant imposé ou pas le port du masque en plus des mesures de distanciation Zhang&Molina_PNAS_20
  
  - A Singapour (hôpital NCID) dans la chambre d'un malade non-intubé, tousseur et fortement positif, on ne trouve aucun virus dans l'air de la pièce, l'antichambre, ou sur masque et blouse des soignants, et on ne trouve pas d'ARN viral après nettoyage. Avant de nettoyer la chambre on trouve quelques ARN sur les surfaces (mais beaucoup en un point du sol, près du lit): voir figure Ong_JAMA_20
  - A Wuhan (Chine) dans Renmin, hôpital permanent bien équipé, aucune contamination ne fut détectée dans l'air, mais juste sur des surfaces de l'USI* Liu&Lan_Nature_20.
  Dans Fangcang, centre sportif de Wuhan reconverti en hôpital provisoire, ni cloisonné, ni ventilé, des virus ont été trouvés partout (air et surfaces), y compris dans les salles de repos du personnel médical. L'air le plus contaminé: dans les WC, étroits et non ventilés. La désinfection et la ventilation et la diminution du nombre de malades (200 à 100) ont éliminé ces contaminations de Fangcang.
  Enfin sur 11 lieux publics de Wuhan, on n'a pas trouvé de virus dans l'air, sauf en 2 lieux surpeuplés (entrées bondées: hôpital et grand magasin) Liu&Lan_Nature_20.
  - A Omaha, USA (hôp.UNCM) on a trouvé des virus dans l'air des chambres et dans le couloir voisin, ainsi que sur presque toutes les surfaces des chambres. Ce qui fait penser à un aérosol. Mais le nombre de virus était petit, sauf sur une grille de VMC (voir figure: 0,2 copies/µL correspond je crois vu la dilution à 0,2x15000= 3000 ARN viraux sur les surfaces, un petit nombre, car en partie non infectant). Dans l'air des chambres des malades en USI* on trouve 20-50 ARN viraux par litre d'air. Dans l'air du couloir à coté, on trouvait le virus dans les 2/3 des échantillons, chaque litre d'air contenant 2 à 8 ARN viraux (moy.: 2,6/L donc on y respirait 1,3 ARN par inspiration de 0,5L). Enfin aucun de ces échantillons n'a pu infecter des cellules en culture, et aucun soignant (masqué) de cet hopital ne fut infecté Santarpia&Lowe_Rx*20.
  - A Bergame (Italie), une région industrielle très polluée par les particules fines (PM10), avec énormément de malades Covid-19, de l'ARN viral fut détecté daéns l'air extérieur. Vingt filtres sur 34 ont été positifs pour le coronavirus, chacun avait filtré 55 m3 d'air dans les 24h (l'infectiosité de l'ARN n'a pas été testé). Les conditions atmosphériques étaient très stables en février 2020 (7-8°C, soleil faible, ni vent, ni pluie, une situation météo de grande pollution). Setti&Miani_Env.Res_20.
  
  Ces études montrent qu'on ne trouve pas de virus dehors dans l'air extérieur sauf en région très polluée et très contaminée, et que l'air n'est pas contaminé dans un hôpital bien ventilé, sauf en USI* où l'on pratique des gestes invasifs: Beaucoup de virus dans les chambres USI* et quelques-uns dans le couloir (Omaha). Mais hors USI*, même dans la chambre d'un malade excréteur (toux) on ne trouve pas de virus dans l'air (Singapour). .
  

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• Combien faut-il de virus pour infecter ? Dose Minimale Infectieuse, DMI
  7 et 24 avril + 11 sept
  Pour infecter une nouvelle victime, le virus Covid-19 doit pénétrer en nombre suffisant, la DMI. Pour l'instant, on ne la connait pas.
  Pour donner la grippe à des gens il faut instiller beaucoup de virus. La DMI est d'un million d'après deux études avec des virus différents, H1N1 Memoli_CID*15 et H3N2 Han_CID*19. Mais la souche de grippe A H2N2 a une DMI de 5 à 40 virus seulement. D'autres virus respiratoires sont bien plus infectieux, car une seule particule virale de rhinovirus ou d'adénovirus peut suffire à infecter quelqu'un. Yezli&Otter_FEV*11 et Barker_JAM*01
  On trouve peu de données sur les coronavirus respiratoires, et pas du tout sur Covid-19 ! Pour l'instant les DMI semblent assez fortes, car pour donner le MERS-Cov à des souris "humanisées", mille virus n'est pas assez, il en faut 50-mille Douglas_Virology_18. Pour infecter des singes, de Wit leur a donné 7 million de virus MERS-Cov (doses + faibles non testées). deWit_PNAS_13. Dans un modèle murin d'infection quelques centaines de virus SARS-Cov suffisent à infecter les souris, pour le SARS-Cov la gravité des symptomes humains semblait associée à la dose virale contaminante (+ l'infection est forte, + grave est la maladie) Odor_BJA*20.
  Cette relation entre la dose de virus reçus et la sévérité de la maladie semble se confirmer depuis le port généralisé du masque: alors que le nombre de cas augmente depuis l'été, la mortalité n'augmente guère. Très bon article simple en français: Adios Corona: Covid moins sévère quand moins de virus inhalés
  Ma conclusion : DMI inconnue. Je parie sur 1000 plutot que 10. Car il me semble que si la DMI était très basse, chaque malade contaminerait bien plus de 2-3 autres personnes(R0) puisque le virus résiste assez longtemps hors du corps.
  

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• Les non-malades transmettent-ils le coronavirus ?
  18/03 et 5/04 et 12/04
  Un porteur-sain asymptomatique peut contaminer, mais l'importance de cette contamination n'est pas claire.
  • L'analyse de l'épidémie en Chine permet de calculer deux données intéressantes:
    - Un patient sur deux (ou un sur dix) attrape le Covid-19 de quelqu’un qui n’a pas de symptôme, d'après Ganyani&Hens_Rx*20 et He&Leung_Rx*20 (ou Du&Meyers_EID*20). A Singapour et à Tianjin (RP.Chine) Ganyani&Hens trouvent 48% et 62% de transmission pré-symptomatique, à Guangdong (RPC) He&Leung trouvent 44% (mais Du&Meyers n'en trouve que 13% dans 18 autres centres de RPC).
    - On compte 4-5 jours en moyenne entre les symptômes du contaminateur et ceux du contaminé: C’est très rapide !
    - L'incubation est de 5 jours en moyenne, et peut durer de 2 à 14j.
    - La charge virale, maximale au début des symptômes (non mesurée avant), baisse beaucoup en 14j (infectiosité faible) et s'annule en 21j, en moyenne
    
  • Exemple 1- Une chinoise de 20 ans, sans symptôme et qui n’est pas tombée malade, a voyagé depuis Wuhan a Anyang (ville non encore contaminée). Elle y a contaminé 5 personnes de sa famille. Aucune preuve du portage de virus par la femme, mais la coïncidence est très suggestive. Yan Bai_JAMA*20
    
  • Exemple 2- Un allemand 33 ans malade 2 j (39°C) et guéri le 3ème j, fut testé positif coronavirus. Il n’a pu l’attraper que d’une chinoise venue de Chine et rencontrée 4 jours avant. Elle n’avait aucun signe clinique d’après l’article, et elle n’est tombée malade qu’à son retour en Chine. Trois autres allemands l’ont attrapé du 1er ou de la chinoise. L'article n'est pas fiable car la chinoise n’a pas été interrogée directement. Peut-être avait-elle des symptômes que les allemands n’ont pas vus. Rothe_NEJM*20
  • Les enfants sont rarement malades, et très rarement gravement malades, du Covid-19. [à vérifier]: Il est possible qu'ils soient moins facilement infectés, et "peu porteurs" Lu&Wong_NEJM*20
  
  

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• Est-on immunisé après avoir eu le Covid-19 ?
  27 avril & 16 juin. RElu en janvier 2021 : N'est plus à jour !
  - Sur 64 patients de New York légèrement malades et positifs pour le SARS-CoV, tous sauf 3 avaient des anticorps anti-corona un mois après le début de la maladie. L'ARN viral est détecté chez 20% d'entre eux deux semaines ou plus après guérison Wajnberg_Rx*.
  - Chez six patients sortant de maladie Covid-19, les anticorps IgG étaient élevés, et encore plus 15 j après. Mais IgM et cell.T spécif., élevés en fin de maladie, avaient baissé de moitié 15 j après. L'immunité cellulaire est activée juste pendant la maladie. L'immunité humorale aussi et elle persiste, ce qui devraient protéger contre une réinfection. Ni&Dong_Rx*.
  - Quatre singes macaques infectés par Covid-19 font une maladie (sans gravité). Deux des 4 furent réinoculés 28 j après, sans infection détectable. La première infection les avait protégés Bao&Qin_Rx*.
  - Ceux qui ont eu le SARS-CoV en 2004 sont tous bien immmunisés 12-16 mois après, mais 4 ans +tard, la moitié d'entre eux n'a plus d'anticorps Lin&You_JMII*.
  - Enfin le MERS-Cov a immunisé durablement ceux qui y ont résisté (15 ou 17 ans).(ref perdue !)
  Oui, beaucoup de gens qui ont eut le Covid-19 sont immunisés, mais on n'a pas de preuve que le Covid-19 protège longtemps ceux qui l'ont eu. On connait beaucoup de cas de gens qui ont eu deux foix la Covid-19
  Peut-on savoir qui a été infecté ? Il suffit de tester les anticorps anti-corona dans le sang par test sérologique adapté. Petherick Lancet 4/04/20.
  

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• Mortalité par Covid19 par âge.
  17 mars. Fei ZHOU, Lancet
  - La Mortalité augmente de +10% par année d’âge (cf. Figure)
  - Les malades excrètent le virus pendant 20 jours en moyenne (max. 37 j).
  - La plupart des morts par covid19 avaient une co-morbidité à l’entrée en hôpital: diabète, problèmes cardiaques ou pulmonaires graves, hypertension.
  - Dans un autre article que je ne retrouve plus (Argh!), j'ai lu qu'en Italie l’âge moyen des morts par Covid19 est de 81 ans, les deux-tiers avaient diabètes, maladie cardiovasculaire ou cancer, ou étaient fumeurs. Sex-ratio des morts en Italie : 80 hommes pour 20 femmes !
  Le risque de mourir est très faible pour les gens <50 ans et en bonne santé!
  

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• Combien vont décéder parmi mes connaissances ?
  On ne sait pas, mais voici mon avis au 25/04 :
  Si l'épidémie fléchit chacun va perdre 2 à 20 "connaissances" > 50 ans
  
  Mon calcul des ordres de grandeur (relu par GBS le 26/03).
  [1] En France au total y-aura 44-mille décès, sauf si rebond (cf.ci-dessous @)
  [2] Morts presque tous âgés de plus de 50 ans, d'après l'histogramme ci-dessus
  [3] En France les + de 50 ans sont 22-millions (1/3 des français), d'après l'INED
  [4] 44-mille divisé par 22-millions = deux décès pour 1000 personnes >50 ans
  [5] donc probabilité 2% de perdre un de nos 10 "très proches" (=10x2/1000), moins si on est jeune
  [6] Réseau: chacun connait directement entre 100 et 1000 personnes, surtout de sa génération.
  [7] ce réseau direct est multiplié par 10 (en gros) car nos relations nous annoncent "leurs deuils"
  [8] donc le réseau direct et indirect de chacun fait entre 1000 et 10000 personnes
  [9] parmi lesquelles il y aura 2 décès pour 1000 personnes (voir [4]), donc 2 à 20 décès
  Il est probable que chaque sujet >50 ans "connaitra" entre 2 et 20 morts Covid-19 (± directement)
  Ce nombre dépendra beaucoup de l'âge, la région, et du réseau personnel du sujet... et de l'évolution de l'épidémie.
  ( @ Estimation du 25 avril (mes estimat.du 26/03: 10-mille décès, et du 3/04: 22-mille, faites sur les décès en hôpital ne tiennent plus: Les EHPAD n'étaient pas comptées dans les statistiques publiées !) Nouvelle estimation le 25/04 (22245+). Sur les log(décès/j) on voit un genre de plateau vers 500/j qui mènerait à 5000 décès de + en 10j, avant la descente espérée (estimat.10000+ si descente=montée). Total = 22000+5000+10000= 37 000 décès que j'arrondis à 44-mille morts
  

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° Scientifique, donc avec la méthode scientifique. Je pars d'articles scientifiques publiés, expérimentaux et relus par des experts (si j'en trouve). Je les lis avec l'esprit critique, et les confronte à d'autres articles et aux connaissances scientifiques. La science est évolutive: les nouvelles recherches peuvent compléter d'anciens résultats. En ce cas je change mon texte. C'est pourquoi j'indique toujours la date de Mise-à-Jour.

¤ Tuer le virus:
On ne peut pas dire juste:"l'alcool tue le virus", car ça dépend du nombre de virus au départ (et du temps de contact et du % d'alcool). Ainsi, c'est plus long de tuer dix-mille virus que d'en tuer dix. Ceci est vrai pour tout "agent" : alcool, savon, Javel, et aussi chaleur, soleil. Pareil pour la mort spontanée des virus: 10-mille virus Cov-1 disparaissent en 5 min sur une blouse en coton, mais pour un million ça prend 24 h Derraik_Rx*20. Théorie de la stérilisation par la chaleur expliquée p.5 du Cours d'Ecologie Microbienne (ENVT, pdf 800k).

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Page citée par Les Echos - France Inter - Radio-Présence